如果要正确理解这种疾病，首先要了解胃肠道的基本结构。
整个消化道从口腔开始，接下来是一段很长并且弯曲的部分，最后到达直肠。这中间有很多消化器官，起着传递并消化吸收食物的作用。首先是食道，它是一段狭长的管道，连接着嘴与胃。食道下面接着就是胃、小肠(靠近胃的一段小肠叫空肠，靠近大肠的一段小肠叫回肠)、结肠(大肠)、直肠。结肠的主要作用是吸收经过小肠消化后的食物中剩余的水分和盐类，它同时储存固体残渣，使之变成粪便，最终从肛门排出。
大肠又称为结肠，靠近肛门的部分叫直肠，与其相连的依次为乙状结肠、降结肠、横结肠、盲肠。盲肠通过回盲瓣口与末端回肠(小肠的一部分)相连，该部又统称为回盲部。胃肠道的管壁如同房子的墙壁有几层结构：粘膜层靠近肠腔犹如墙壁的粉刷层，粘膜下层为粉刷层下的缝隙，再其下为固有肌层，是消化道的支撑结构，类似于墙壁的砖块层。
掌握这些结构就容易理解炎症性肠病：溃结是墙壁的粉刷层坏了，由于是粘膜层慢性弥漫性炎症，因此病变肠壁的粉刷层看不到正常的粘膜，多呈连续性的病变，肠壁的固有肌层没有明显受累，因而溃疡一般不深，不会引起穿孔、瘘管或狭窄、梗阻。溃结犹如墙壁粉刷层的破坏剥离，由于病变越近肛门病变越重，粘膜层的坏死渗出则表现为腹泻、血便或大便中出现象鼻涕样的粘液。克罗恩病则为全肠壁的病变，也就是说整个墙壁多坏了，因此溃疡很深，容易穿透肠壁引起穿孔、瘘管，全肠壁增厚或疤痕形成容易引起狭窄或梗阻。
克罗恩病最常见的病变部位在回盲部，呈多发、节段性溃疡;慢性结肠炎则主要累及直肠及乙状结肠，呈连续性病变，也可累及整个结肠。根据病变部位的不同而相应命名为：溃疡性直肠炎，只累及直肠;直肠慢性结肠炎，累及直肠和乙状结肠;远端结肠炎，累及左半结肠;全结肠炎：累及整个结肠。
理解慢性结肠炎是一种慢性疾病。当患者因为粘液血便去医院就诊时被告知得了一种叫“慢性结肠炎”的疾病时，很可能他/她从来没有听说过这个名字(事实上，大多数人对这种疾病并不熟悉，或只告知为”慢性结肠炎”，其实很多所谓的慢性结肠炎并不是这种病)。更糟糕的是，有时医生会告诉他/她，这种病会相伴他/她一生。 如果患者感觉不能承受，或者觉得害怕，这些都是很自然的反应。接下来，他/她可能会有一大堆的问题，想知道自己怎么得的这种疾病，当然，最关心的是它会如何影响他/她现在和将来的生活。
没有人确切地知道是什么引起慢性结肠炎或克罗恩病。同样也没有人能够预言，一旦诊断为这种疾病后，它会给人带来怎样的影响。有些人可能好几年都平安无事，而有些人病情却经常复发。但是有一点是明确的：慢性结肠炎与克罗恩病一样，都是一种慢性疾病。
慢性病是一种持续发展的状态。它们可以通过治疗而被控制，但是却不能被治疗好。这意味着这种疾病是长期的，但不意味着它是致命的。这一点很重要!大多数慢性结肠炎患者同样过着充实而又丰富多彩的生活。
